Em Super Mario Maker, os jogadores irão enviar seus próprios níveis para o jogo, que terão vários tipos diferentes de dificuldade. A maioria dessas dificuldades serão definidas à medida que mais jogadores forem jogando aquele nível. Por exemplo, se 150 pessoas jogaram aquela fase, mas apenas 10 conseguiram o concluir, ele entrará na categoria de níveis difíceis.
Porém, essa não será a única forma da dificuldade dos níveis ser definida. Segundo o site Engadget, os níveis criados também passarão por moderadores da Nintendo, que irão determinar o nível de dificuldade daquela fase, antes deles serem disponibilizados para download no game.